Cục Thuế vừa tổ chức Hội nghị lắng nghe và giải quyết khó khăn, vướng mắc trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng với sự tham gia của đại diện các hiệp hội và doanh nghiệp.

Phát biểu tại hội nghị, Phó Cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn cho biết, thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và lãnh đạo Bộ Tài chính về rà soát, tháo gỡ khó khăn, vướng mắc cho doanh nghiệp, ngành Thuế xác định việc xử lý các điểm nghẽn trong hoàn thuế VAT là một trong những nhiệm vụ trọng tâm.

Theo ông Mai Sơn, mục tiêu của ngành Thuế là giải quyết hồ sơ hoàn thuế kịp thời, đúng quy định, qua đó hỗ trợ dòng tiền trở lại với doanh nghiệp, tạo thêm nguồn lực cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Ngành Thuế đang triển khai quy trình hoàn thuế tự động, trong đó dữ liệu được kết nối tự động, hệ thống phân tích, đối chiếu và phân loại rủi ro. Cách làm này nhằm giảm tối đa sự can thiệp chủ quan của con người, đồng thời giúp cán bộ thuế tập trung vào những hồ sơ thực sự có rủi ro, cần kiểm tra và xác minh.

Hơn 142.000 tỷ đồng được hoàn thuế trong 9 tháng

Báo cáo tại hội nghị, bà Nguyễn Thị Thu Hường, Phó Trưởng ban Nghiệp vụ (Cục Thuế), cho biết tính đến ngày 21/9/2026, cơ quan thuế trên toàn quốc đã ban hành 14.058 quyết định hoàn thuế, với tổng số tiền 142.599 tỷ đồng.

Số tiền này đạt 82% tiến độ dự toán hoàn thuế năm 2026 và bằng 144% so với cùng kỳ năm 2025.

Đáng chú ý, tỷ lệ hồ sơ hoàn thuế VAT được gửi bằng phương thức điện tử đạt 99%. Trong đó, 87% hồ sơ thuộc diện "hoàn trước - kiểm sau", còn 27% hồ sơ thuộc diện "kiểm trước - hoàn sau".

Đối với hồ sơ thuộc diện "hoàn trước - kiểm sau", thời gian giải quyết được thực hiện trong vòng 6 ngày làm việc.

5 địa phương có số tiền hoàn thuế VAT lớn nhất gồm TP Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bắc Ninh, Tây Ninh và Hà Nội.

Trong đó, TP Hồ Chí Minh có 4.089 quyết định hoàn thuế, với số tiền 36.075 tỷ đồng. Đồng Nai có 2.304 quyết định, số tiền hoàn 18.469 tỷ đồng.

Ba nhóm nguyên nhân khiến hoàn thuế còn vướng

Theo Cục Thuế, quá trình giải quyết hoàn thuế vẫn phát sinh một số tồn tại, chủ yếu tập trung ở 3 nhóm nguyên nhân.

Thứ nhất, doanh nghiệp chưa lập đầy đủ, chính xác bộ hồ sơ theo quy định. Khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung hoặc doanh nghiệp tự xin rút hồ sơ để lập lại.

Thứ hai, một số hồ sơ có dấu hiệu rủi ro liên quan đến hóa đơn, chứng từ thanh toán hoặc đối tác trung gian. Khi đó, cơ quan thuế phải gửi công văn xác minh tới cơ quan Hải quan, ngân hàng, cơ quan Công an hoặc cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp đầu vào. Việc xác minh nhiều đầu mối có thể khiến thời gian xử lý hồ sơ kéo dài.

Thứ ba là những bất cập trong quy trình thao tác và quy định pháp lý. Một số nội dung như kê khai điều chỉnh các chỉ tiêu 37, 38 trong nghiệp vụ kế toán hay xử lý số thuế đề nghị hoàn trùng lặp giữa các kỳ vẫn gây lúng túng trong thực tế.

Theo phản ánh tại hội nghị, trước đây, chỉ cần một hóa đơn có dấu hiệu rủi ro, toàn bộ hồ sơ có thể bị chuyển sang diện "kiểm trước - hoàn sau".

Ông Bùi Trung Hiếu, Ban Kiểm tra (Cục Thuế), cho biết tỷ lệ số tiền được xử lý qua kiểm tra trước hoàn so với số tiền đề nghị hoàn là 2,6%, trong khi tỷ lệ này ở khâu kiểm tra sau hoàn là 1,1%.

Theo Cục Thuế, kết quả này cho thấy việc phân loại hồ sơ theo mức độ rủi ro cơ bản đi đúng hướng. Các hồ sơ có rủi ro cao được kiểm soát ngay ở khâu tiền kiểm, trong khi nhóm "hoàn trước - kiểm sau" có mức độ sai phạm thấp hơn nhưng vẫn được kiểm soát thông qua hậu kiểm.

Việc chuyển dần từ tiền kiểm sang hậu kiểm được kỳ vọng góp phần rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ đối với những doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật thuế.

Doanh nghiệp tuân thủ tốt sẽ được đưa vào chương trình hoàn thuế nhanh

Một trong những định hướng được Cục Thuế đưa ra là phối hợp với các hiệp hội để xây dựng và nhân rộng nhóm doanh nghiệp có mức độ tuân thủ tốt.

Nhóm doanh nghiệp này dự kiến được đưa vào chương trình hoàn thuế nhanh, tiến tới thực hiện hoàn thuế tự động trên cơ sở hệ thống quản lý rủi ro minh bạch, qua đó giảm tối đa sự can thiệp chủ quan của con người.

Lãnh đạo Cục Thuế đánh giá cao vai trò của các hiệp hội trong việc đồng hành cùng cơ quan thuế, đồng thời mong muốn tiếp tục nhận được phản ánh trực tiếp từ doanh nghiệp.

"Doanh nghiệp đang vướng mắc ở đâu, ở khâu nào, nguyên nhân của vướng mắc xuất phát từ đâu" là những thông tin được Cục Thuế xác định có ý nghĩa quan trọng để nhận diện đúng vấn đề và đưa ra giải pháp phù hợp.

Tại hội nghị, các đơn vị chuyên môn của Cục Thuế cũng báo cáo kết quả thực hiện hoàn thuế VAT, tổng hợp các nhóm kiến nghị, vướng mắc trong quá trình giải quyết hồ sơ; kết quả xây dựng, hoàn thiện chính sách thuế và chính sách quản lý thuế về hoàn thuế VAT, cũng như những khó khăn phát sinh trong thực tế kiểm tra hoàn thuế.

Nhiều vấn đề doanh nghiệp phản ánh như hồ sơ hoàn thuế tồn đọng, xuất khẩu tại chỗ, kho ngoại quan... đã được lãnh đạo Cục Thuế và đại diện các ban chuyên môn trao đổi, giải đáp trực tiếp.

Phó Cục trưởng Mai Sơn cho biết đối với những nội dung chưa được giải đáp thỏa đáng tại hội nghị, ngành Thuế sẽ tiếp tục rà soát, xử lý dứt điểm các hồ sơ tồn đọng kéo dài và có câu trả lời cụ thể đối với từng doanh nghiệp.